刘锡同得到这样一个结论，法医鉴定的结论，马上就认定街坊邻里的传言属实，就将小白菜带回县衙审问，刚开始毕秀姑，也就是小白菜不承认自己有谋杀亲夫之嫌，刘锡同就用大刑伺候，严刑拷打，根据当时的史料记载，刘锡同当时动用大刑包括用烧红的铁丝刺**，用锡熔，滚烫的锡熔浇背，滚烫的锡熔是什么呢？就是用金属锡熔化以后滚热的锡水浇她的脊背，在如此的残酷的刑讯逼问之下，葛秀姑被迫招供，说是十月初五日，杨乃武买到了砒霜，把砒霜交给她，让她趁机毒死葛品连，以达到他们通奸居住的目的。十月初九日，葛品连有病，她就把砒霜倒如药汤中一起服下，葛品连中毒身亡。刘锡同得到毕秀姑招供如获至宝，马上传讯杨乃武，不料杨乃武来到县衙，矢口否认自己跟这个案件有任何关联，声称自己在十月初九日压根就不在余杭县，没有任何的作案时间和作案动机，刘锡同认定必须用严刑逼供的办法才能取得口供。这在清朝有一个法律上的规定，如果当事人没有口供就不得定案，于是刘锡同就向杭州府呈报了公文，请求解除杨乃武的举人出身，如果解除了他的举人出身他才能用严刑逼供拷打杨乃武，从而获得他需要的这样一个招供。可就在他呈送公文，衙役刚走掉的同时，求功心切的刘锡同于当天晚上就严刑拷打杨乃武。尽管如此，杨乃武始终不承认自己有作案的动机。也就是说始终否认了自己真实的作案。但即便如此，刘锡同仍然以杨乃武与小白菜通奸共谋害死葛品连定案之论呈送杭州府，请求二审定案。
那时刑部尚书，也就是公安部的部长或者最高法院的院长，由他亲自坐镇主审，然后九卿，就是相关的最高级别的刑讯人员坐在旁边，来彻审杨乃武、小白菜，两个犯罪嫌疑人都到了北京来进行审讯，在这次审理的过程中，有两个问题需要提出来，第一个当时提供了证词说将砒霜卖给杨乃武的艾仁堂药店的店主钱坦已经死亡，但是杨家早就提供了当日杨乃武根本不在余杭县的证词，这个证词得到采信，第二点非常关键的一点，葛品连的尸骨连尸骨带棺材也一并从余杭一直千里押解到了北京，重新打开棺木，由仵作重新鉴定葛品连是不是中毒而死，结果，这次检查发现，根据一些医生的最终认定，葛品连确属疾病而死，是病故，在所有尸骨的检测中，没有发现任何中毒身亡，就是砒霜的成分，这样最为核心的问题一旦查明，当时也在公堂上的余杭下令刘锡同和仵作沈祥供认不讳，说确实是我们当时在检测葛品连尸体的时候工作没有做细，主观认定他们有罪，所以就刑讯逼供，那么这样一个前后延续了三年多，将近四年的案子，最后定案，杨乃武、小白菜沉冤昭雪，葛品连不是中毒身亡，而是病故。
这个案子平反昭雪以后，那么在当时的清朝，政治环境中引起轩然大波，慈禧太后一下子连续发布旨意，惩罚余杭知县刘锡同，远发黑龙江判处流刑，余杭知县刘锡同勘验不认真，导致这起冤案的发生他是罪魁祸首，发配黑龙江。仵作沈祥以及其他相关人等30多位官员被革职、充军或查办，浙江巡抚杨昌浚、浙江学政胡瑞澜，杭州知府陈鲁一干官员100余位，革除顶戴花翎，永不续用，这个案件纷纷扬扬的杨乃武、小白菜案以一大批官员的落马而告终。广大人民拍手称块，这就是杨乃武、小白菜的真实案情。
杨乃武是举人出身，他家也比较富裕，另外在当时的首都北京也有很多浙江级的官员对他们的支持，那么这些原因都是原因，但是如果没有最终最高统治者的支持，由于官官相护，有些案子很难最终平冤昭雪。本案平反昭雪的最后实际上隐藏着深刻的、尖锐的官场权利斗争，这是我们特别要提到的。小小的杨乃武、小白菜这样的案件是普通的，但是在当时围绕着这个案件审理，浙江的一干官员，从县到府到省，全都是曾国藩所统率的湘系军阀的手下，那么也就是说根据当时的历史背景，曾国藩率领自己的湘军打败了太平天国，镇压了太平天国，那么在当时江南一代，各级的官员基本上都是湘系的军阀，他们没有多少的知识，凭着军功担任这样的职务，他们很少受过严格的审判经验的教育，也没有多少知识，因此容易造成很多冤案，而且有了冤案之间都同处湘系，官员之间相互扶持，相互的维护，那么从而使这个案子迟迟难以翻案，那么面对这种情况，实际上对于清朝的最高统治者而言，早就欲除之而后快，早就想找到一个契机来弹压湘系军阀的势力，那么杨乃武、小白菜案件的发生给慈禧太后提供了这样一个契机，找到了爱新觉罗满清皇族或者说朝廷吧，压制湘系军阀气焰的契机，那么之所以最后100多位官员顶戴花翎全部摘掉，永不续用，实际上有压制湘系军阀这么一个功能。